Der überzeugte Nietzsche-Anhänger Friedrich Ritter und seine Geliebte Dora Strauch wollen 1929 ein neues Leben anfangen, fernab gesellschaftlicher Konventionen und Zwänge. Sie machen sich auf den Weg Richtung Galapagos, die damals noch kaum bekannte Inselgruppe vor Ecuador, und treffen dort auf weitere deutsche Emigranten, von denen jeder mit anderen Absichten auf die Insel Floreana gekommen ist. So etwa die spießige Familie Wittmer, die in Einklang mit der Natur leben will, oder die Exzentrikerin, die sich als Baronin ausgibt und von einem Hotel für betuchte Touristen träumt. Eines Tages verschwinden sie und ihr Geliebter spurlos. In diesem Moment wird der Dokumentarfilm zum Krimi, der mit wiederentdecktem Archivmaterial und Interviews herauszufinden versucht, ob das Paar ermordet wurde und wenn ja, von wem. The Galapagos Affair findet eine spannende Form, die wahre Geschichte einer Gruppe von Idealisten zu erzählen, die auswanderten, um ihre Lebensentwürfe in die Tat umzusetzen. Wie viele andere zivilisationsmüde Menschen, müssen auch sie feststellen, dass das Paradies eine Utopie bleiben muss, damit wir es weiterhin suchen können.